Artículo extraño donde matamos moscas a cañonazos: activar una directiva de Windows específica (o modificar directamente el registro) para evitar instalar programas en otros discos duros. Algo que uno puede hacer simplemente no cambiando la partición de manera activa. Es decir, todos los programas se van a instalar por defecto en C, no es necesario insistir en que no lo hagan salvo que tú mismo lo hayas hecho. Puede ser útil en equipos compartidos con personas poco abiertas a colaborar, eso sí.
Personalmente he pasado décadas instalando programas en la partición D y jamás he tenido problemas, excepto con programas específicos que ya concretaban que debía instalarse en C (o directamente en carpetas en el directorio raíz o sin espacios en su nombre, por ejemplo). Pero quizás solo haya tenido mucha suerte.